Nasce da un ex voto, nell’871, l’abbazia benedettina di San Clemente a Casauria, nel comune montano di Castiglione a Casauria. Fu l’imperatore Ludovico II, scampato alla prigionia per intercessione di papa Adriano II, a volerla edificare vicino a una chiesa dedicata a San Quirico, lungo le sponde nel fiume Pescara e nei pressi della via Claudio-Valeria, uno dei percorsi che portavano dall’Aquila a Foggia. 

L’abbazia sorgeva dunque in un punto strategicamente importante, e aveva inizialmente dodici moggi di terreno, di proprietà della chiesa di Penne, arrivando in seguito a 1900. Il periodo di maggiore estensione fu nei primi del 900, con l’abate Lupo, quando le sue proprietà comprendevano quasi tutta la regione. 

Dedicato inizialmente alla Trinità il cenobio e il convento sorto secondo la regola benedettina, cambia nome con l’acquisizione delle ossa di San Clemente nell’872: nell’architrave del portale d’ingresso è raffigurata la leggenda della traslazione. Si racconta che San Clemente Papa, forse il terzo successore di San Pietro, nel 96 o 97, sarebbe stato gettato in mare in Chersoneso per ordine di Traiano con un’ancora attaccata al collo; i suoi resti scoperti da Cirillo e Metodio riportati a Roma nell’868).

Il primo abate è Romano, scelto per santità di costumi e per una saggia amministrazione dei beni. Ma la prosperità e l’organizzazione dell’abbazia scompare con l’arrivo dei saraceni, intorno al 916: i monaci vengono dispersi e il cenobio devastato. Solo dopo la cacciata i monaci casauriensi iniziano il restauro, costretti a vendere e prestare terre. 

Dal 1051, per circa un ventennio, l’abbazia subisce spoliazioni a causa del conte normanno Ugo da Malmozzetto che, nonostante le minacce di scomunica di papa Gregorio VII e la resistenza dell’abate Trasmondo, devasta il cenobio.

Solo dopo la sua caduta l’abbazia riprende nuova vita. Nel 1113 viene edificata la sacrestia, in seguito vengono ampliate le abitazioni dei monaci ed è eretta la torre campanaria. 

Nel XIV secolo, i possedimenti si riducono all’isola di Casauria, Alanno, il castello di Valignano e Castelvecchio Monacisco. Anche le calamità naturali concorrono alla sua decadenza; nel 1349 e nel 1456 due terremoti causano gravissimi danni. Si inizia la ricostruzione, ma il periodo aureo è ormai tramontato. 

Una sentenza dell’8 agosto 1775 decreta l’abbazia di regio patronato: don Francesco Caracciolo ne diventa primo abate. Nel 1799 vi alloggiano le truppe francesi comandate dal generale Ruscha che la spoliano derubando il braccio d’argento con la reliquia di San Clemente e bruciandone l’artistica statua. Nel 1850 viene trasferita alla diocesi di Diano, in provincia di Salerno, appena costituita. Con regio decreto del 1859 la chiesa ed il locale annesso vengono ceduti ai francescani, che ne vengono successivamente espulsi nel 1865 in forza della legge di soppressione degli ordini monastici; il fabbricato viene quindi ceduto nel 1869 al comune di Castiglione a Casauria. 

Poi gli eventi precipitano, l’abbazia viene lasciata dai monaci e ridotta a magazzino, stalla, ripostiglio. Solo gli appelli di Pier Luigi Calore fanno in modo che il complesso venga dichiarato monumentale nel 1894, il che consente diversi interventi i riparazione. Il terremoto del 2009 ha causato nuovi danni alla struttura.